donderdag 10 januari 2019

Op zoek naar oude crossing-overs

Een genealogische DNA-test bevat vaak meerdere onderdelen. Het populairste onderdeel is vaak de etniciteiten-uitslag. Het is belangrijk om te weten dat deze uitslag niet letterlijk geïnterpreteerd moet worden, zeker binnen Noordwest-Europa. Probeer maar eens een gehusselde stapel pasfoto's van Engelsen, Nederlanders en Duitsers op land te sorteren, dan zul je zien dat dit - afgezien van enkele stereotype hoofden - nog vrij lastig is. Bij een stapel foto's Engelsen, Oostenrijkers en Letten gaat het iets makkelijker, maar nog steeds lastiger dan Engelsen, Japanners en Nigerianen.

Een tweede onderdeel van zo'n test bestaat vaak uit een lijst met DNA-matches. Dit kan een aanknopingspunt vormen voor geadopteerden of anderen die bijvoorbeeld een onbekende opa hebben. Deze DNA-matches variëren in grootte: sommigen zullen nabij verwant zijn, anderen verder dan 10 generaties geleden. Men moet hier uitkijken voor pile-up regions: stukken DNA die om bepaalde redenen zodanig veel voorkomen onder verschillende bevolkingsgroepen, dat hier veel mensen met elkaar matchen. Met DNA-matches op die stukken zul je daarom meestal niet veel kunnen.

DNA-matches kunnen meer zeggen over iemands achtergrond dan de etniciteiten-uitslag. Als Nederlander kom je er vaak vanaf als een mix van Engels, Scandinavisch en Noordwest-Europees. Onder de DNA-matches zullen echter (naast vele Amerikanen) best wat Nederlanders zitten. Met behulp van het vergelijken van elkaars stambomen, indien dit mogelijk is, kan men in redelijk wat gevallen een gemeenschappelijk voorouderlijk paar vinden, soms zelfs meer dan één. In andere gevallen blijft de zoektocht beperkt tot een gemeenschappelijke afstammingsregio of blijft het in zijn geheel onduidelijk. De DNA-matches die ik momenteel heb suggereren dat al mijn acht overgrootouders ook inderdaad mijn overgrootouders zijn. Van mijn grootmoeder die ik getest heb lijken ook al zes van de acht overgrootouders bevestigd.

Mijn DNA-matches verzamel ik op DNA Painter, een prettige tool omdat het alles mooi in beeld brengt.


Crossing-overs

Een belangrijk fenomeen in de vererving van DNA is dat van crossing-overs. Een crossing-over vindt plaats tijdens de meiose in geslachtscellen; hierbij kruisen iemands vaderlijke en moederlijke chromosomen eenmaal of enkele malen over elkaar waarbij nieuwe gerecombineerde chromosomen ontstaan.

Voorbeeld van een crossing-over.

Het is opvallend dat de meiose in mannelijke geslachtscellen minder crossing-overs bevat dan die in vrouwelijke geslachtscellen. Dit heeft als gevolg dat men van vaderskant grotere stukken van minder voorouders erft en van moederskant kleinere stukken van meer voorouders.

Door het interpreteren van DNA-matches is het mogelijk om ook oude crossing-overs op te sporen, iets dat ik in dit artikel probeer.

Allereerst een weergave van mijn eerste 10 chromosomen(paren) op DNA Painter. 

1: Het DNA dat ik met mijn grootmoeder deel,
eerste 10 chromosomen.

Deze zijn verdeeld in een vaderlijk en moederlijk chromosoom(deel). In geel heb ik het DNA dat ik van mijn grootmoeder van vaderskant heb gekregen weergegeven. Het valt op dat het DNA in vrij onregelmatige stukken vererfd is: de eerste drie chromosomen van vaderskant zijn voor het grootste gedeelte van mijn grootvader afkomstig. Aan de andere kant komen chromosoom zes, acht en tien weer voor het grootste deel van mijn grootmoeder. Op de grenslijnen tussen de stukken die van mijn grootvader en van mijn grootmoeder afkomstig zijn, hebben crossing-overs plaatsgevonden. Deze crossing-overs zijn ontstaan toen mijn vader de chromosomen van zijn beide ouders recombineerde, met als resultaat mijn vaderlijke chromosomen.

Voorbeeld twee: een weergave van een groep DNA-matches van mijn grootmoeder op één van haar chromosomen van vaderskant. 

2: Groepen DNA-matches
geven grenslijnen aan.

Alle blauwe matches zijn Nederlanders; alle bruine matches zijn Joods. Tussen de blauwe en bruine matches is een duidelijke grenslijn te zien; ook hier heeft een crossing-over plaatsgevonden. Haar vader heeft het DNA van zijn Hollandse vader met het DNA van zijn Joodse moeder gerecombineerd.
Het is verder interessant dat de Joodse matches in drie groepen uiteen lijken te vallen; dit zou een weerspiegeling kunnen zijn van één of meer oudere crossing-overs.

De Joodse achtergrond heeft zeker geholpen bij het identificeren van deze crossing-over. In voorbeeld 3 zien we nog een mogelijke crossing-over in mijn grootmoeder die op basis van etnische informatie geïdentificeerd kan worden, ditmaal aan haar moederskant. 

3: Aziatisch en Europees

In turquoise heb ik geen DNA-matches toegevoegd, maar stukken DNA die Zuidoost-Aziatisch zijn. In paars zien we een stuk DNA dat afkomstig is van Michael Lawrence Pike (1815-1865). Op het stuk dat Pike, geboren in een Brits-Indisch gezin, heeft nagelaten, zijn géén sporen van Aziatisch DNA te vinden. Ook zijn er meerdere Britten en Amerikanen die op ditzelfde stuk overlappen; vermoedelijk komt het paarse stuk in zijn geheel van Pikes Engelse vader. Mijn grootmoeder heeft dit stuk via haar grootmoeder Leyssius gekregen, (zie hier meer over deze afstammingslijn). 
Het turquoise, Zuidoost-Aziatische gedeelte komt echter hoogstwaarschijnlijk van haar grootvader Mallien. De grenslijn tussen het turquoise en het paarse gedeelte is dus waarschijnlijk een crossing-over die ontstaan is toen de moeder van mijn grootmoeder het DNA van haar vader en moeder recombineerde.

Tot nu toe hebben we voorbeelden gezien van twintigste-eeuwse crossing-overs. Naarmate we verder terug de tijd in gaan, wordt het lastiger om crossing-overs te identificeren. Immers, elke generatie wordt het DNA verder in stukken geknipt en gehusseld. Toch zijn er nog sporen te vinden van oudere crossing-overs, zoals te zien valt in voorbeeld 4, een deel van mijn chromosoom 5:

4: Een crossing-over van meer dan twee eeuwen oud.

De vier donkerblauwe matches stammen allemaal af van Gijsbert van Wijk, een neef van mijn voormoeder Maaijke van Wijk (1782-1828). Beiden waren kleinkinderen van Jan van Wijk en Steventje van Os, een achttiende-eeuws echtpaar uit Wadenoijen. Het lijkt vrijwel zeker dat dit stuk van hun afkomstig is. Direct naast deze groep matches is een andere match, waarmee ik als gemeenschappelijk voorouderpaar Jan Arisse van Trigt en Willemijntje Struijk vond. Er zijn geen garanties dat dit stuk ook van hun afkomstig is, maar bij gebrek aan andere gemeenschappelijke voorouders lijkt het er wel op. Opvallend genoeg zijn zij de grootouders van moederskant van Maaijke van Wijk. Het lijkt erop dat ik een stuk DNA van haar heb geërfd dat zowel van haar vader als haar moeder afkomstig is. In dat geval is de grenslijn tussen de twee groepen matches een crossing-over die heeft plaatsgevonden toen zij haar vaders en moeders DNA recombineerde in de eicel waaruit haar zoon Martinus van der Heijden (1808-1879) geboren werd.

In voorbeeld 5 zien we een mogelijke achttiende-eeuwse crossing-over op één van mijn grootmoeders chromosomen:

5. Een achttiende-eeuwse crossing-over?

Het gaat hier om de paarse stukken. De twee paarse matches aan de linkerkant stammen af van Jacob van Alphen, zoon van Maria Johanna van der Poll, zeer waarschijnlijk identiek aan de achterkleindochter van Johannes Jacobus Slaterus (1671-1718) en Agatha Ronneboom (1675-1745), dat dan ons gemeenschappelijke voorouderpaar is. De paarse match aan de rechterkant is een afstammeling van Wolter Slaterus (1766-1822), een broer van onze voorvader Johannes Jacobus Slaterus (1761-1840), beiden kinderen van Hendericus Slaterus en Sara Knape uit Goor. Het linkergedeelte moet mijn grootmoeder bereikt hebben via deze Hendericus, die een kleinzoon was van het echtpaar Slaterus-Ronneboom. Voor het rechtergedeelte zijn er drie mogelijkheden: of het komt van Hendericus, of van zijn vrouw Sara, of van hun allebei. Dit laatste is onwaarschijnlijk omdat er dan precies eenzelfde recombinatie moet hebben plaatsgevonden in hun beide zoons. Het is echter ook niet waarschijnlijk dat het van Hendericus komt, want dan is het zeer opvallend dat de grenslijn tussen beide matches zo scherp is en dat zij niet met elkaar overlappen. Er zou dan in zowel de lijn van Van der Poll als van Wolter een crossing-over moeten hebben plaatsgevonden op precies dezelfde plek. Ik vermoed daarom dat het rechtergedeelte van Sara Knape afkomstig is. Onze voorvader Johannes Jacobus heeft dan het DNA van zijn vader Hendericus en zijn moeder Sara gerecombineerd in de cel die tot Frederik Lodewijk Slaterus (1792-1876) geleid heeft. Er is hier dan sprake van een achttiende-eeuwse crossing-over. Dat Wolters afstammeling niet matcht op het linkergedeelte kan erop duiden dat hij daar Sara's in plaats van Hendericus' DNA heeft geërfd.

Er kan dus veel gepuzzeld worden met deze matches, en het blijft bijzonder dat de voorouders die nu allang verdwenen zijn op deze manier weer tevoorschijn komen.